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BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

v13.0.5 x64免費版
  • 軟件大?。?/span>129 MB
  • 軟件語言:英文
  • 更新時間:2024-01-09
  • 軟件類型:國外軟件 / 健康醫藥
  • 運行環境:WinXP, Win7, Win8, Win10, WinAll
  • 軟件授權:免費軟件
  • 官方主頁:https://www.biosolveit.de/
  • 軟件等級 :
  • 介紹說明
  • 下載地址
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  • 網友評論

  BioSolvetIT Seesar提供藥物設計功能,您可以在這款軟件上設計新的藥物模型,軟件提供蛋白質編輯功能,可以在軟件上設計新的蛋白質模型,也可以在軟件設計分子模型,可以對配體編輯,可以改善配體,可以對接配體,可以評估配體的結合親和力,可以對齊多種蛋白質的結合位點,讓用戶可以自由在軟件上設計新的藥物模型,軟件界面提供了演示功能,新用戶進入主程序就可以查看官方的基礎知識,隨后創建新的項目開始設計分子,需要就下載吧。

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

軟件功能

  日常藥物設計儀表板

  SeeSAR是您直觀、可視化的藥物設計平臺。從虛擬篩選到基于片段的設計,SeeSAR涵蓋了藥物發現過程的每一步,以最有趣和最全面的方式促進構思。

  蛋白質模式

  拖放您的蛋白質,或在在線數據庫中輕松搜索。在幾秒鐘內,您的目標就準備好了,您可以開始了。

  蛋白質編輯器模式

  根據您的需要修改您的蛋白質。探索旋轉器,引入突變,并自定義側鏈。

  綁定站點模式

  SeeSAR會自動為您檢測配體的結合位點。此外,您可以通過添加單個殘基來精確擴增它,或者只需單擊一下即可找到蛋白質中的空口袋。

  分子編輯器模式

  根據您的喜好即時修改分子 2D 或 3D。完成后,分子將直接為您的任務做好準備。

  分析器模式

  估計親和力并使用可視化的 HYDE 分數解釋結果。過濾化合物中的相關參數,計算ADME特性,并完全控制配體-靶標相互作用。

  吸氣器模式

  無限制地構思!發現新的支架,探索并生長成自由空腔,或使用片段庫連接分子以獲得優雅的解決方案。

  對接方式

  只需單擊一下即可對接您的化合物!篩選活性物質庫,并本能地評估您的結果。

  相似性掃描模式

  無需基于其分子相似性的目標結構即可對齊化合物。

軟件特色

  使用SeeSAR'Midas'進入現代和復雜藥物發現的下一階段。版本 13 被開發為一個功能強大但用戶友好的工具,用于生成以目標為導向的結果——只需單擊一下!

  這種新穎的構思引擎被稱為“MedChemesis”:一種配體突變工具,用于創建一系列與基于常見藥物化學反應的查詢化合物的緊密類似物。MedChemesis可以在吸氣器模式下訪問,以對化合物周圍的近端化學空間進行采樣,以進行有希望的修飾(例如,生物等空間替代羧酸以取代四唑基團,引入鹵素或甲基以增加效力,或用碳代替芳香環系統內的氮原子)。MedChemesis 共有 290 種最常見的藥物化學轉化,以最有效的方式探索了由結合位點拓撲引導的大量類似物,而無需完全列舉所有可能性。

  除了幾項生活質量軟件改進外,還增加了另一個很棒的功能來增強屏幕設計體驗:用戶現在可以可視化靶標/蛋白質表面。多種著色和可視化選項(基于親脂性、鏈式顏色、不透明/透明等)可用于根據您的需要創建有意義的圖形。功能還不止于此:所有 3D 表面表示都可以通過 SeeSAR glb 文件導出導出,用于演示,以直觀地傳遞您的科學核心信息!

  重要提示:SeeSAR 13 帶有更新的 HYDE 化學模型。因此,SeeSAR 版本 13 和舊版本之間的關聯計算可能會有所不同。如果在 SeeSAR 13 中打開使用先前 SeeSAR 版本創建的項目,則需要對姿勢進行后續重新評分。

破解方法

  1、將SeeSAR直接安裝到電腦,可以自己設置軟件的安裝地址

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

  2、提示軟件的安裝過程, 等等軟件安裝結束吧

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

  3、將seesar.exe、license.lic復制到軟件的安裝地址替換完成激活

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

  4、打開SeeSAR就可以開始新的項目,也可以查看演示內容

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  5、SeeSAR是英文軟件,如果你會使用就可以在軟件上開始設計內容吧

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官方教程

  作為練習,我們通過選擇間位的氫并將其元素類型更改為“N”,在環上添加一個氨基。

  注:

  在編輯過程中,你會看到所有的氫,但沒有估計的親和力,也沒有海德球體。要查看它們,請首先將編輯后的配體添加到表中(使用綠色按鈕),然后在表中選擇新條目

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

  如果你點擊分子條目,你會看到估計的親和力和相關的冠狀病毒,但只有極性的氫。編輯器菜單現在已鎖定。要繼續編輯,請單擊中心的“繼續”按鈕

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  現在讓我們在元位置添加一個甲基。同樣,將其存儲在表中,我們可以看到進一步增加的親和性估計。

  如果你的想法用完了:試試Inspirator模式。要將你的分子放在那里,請用每行前面的復選框選中它,并將其添加到Inspirator模式。它將幫助你替換分子的一部分,進一步生長分子或合并分子

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

  2.添加分子

  如果您想將自己的分子添加到SeeSAR會話中:例如,使用您最喜歡的繪圖工具,并將分子保存為sdf-、smiles-或mol2文件。在SeeSAR中切換到Analyzer模式,并通過加載按鈕添加分子,或將其復制/粘貼到輸入庫字段

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

  或者,在此處復制/粘貼(ctrl+c/ctrl+v)您的分子(作為smile或sdf)。

  例如,復制下面的三個分子,以更改它們的名稱:

  O=C(N1CCC1)c2c3c(NC=C3)ccc2

  O=C(N1CCOCC1)c2c3c(NC=C3)ccc2

  O=C(N1c2c(C(N)ccc2)CC1)c3c4c(NC=C4)ccc3

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  雙擊分子名稱(在這種情況下為“無名稱”)進行更改。用回車鍵確認更改

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  要將所有化合物轉移到另一種模式(例如,在對接模式下對接它們),請單擊“選中”列,然后選擇“全部選中”標記列表中的所有分子。如果你只想轉移一些分子,請在列中單獨檢查它們。

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

  單擊“將選中的分子添加到模式”,然后選擇您選擇的模式來處理分子。由于我們要??克鼈?,因此將選擇??磕J?。對接程序在第3節(對接)中進行了說明

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  也可以在“分子編輯器”模式中創建新分子

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  讓我們從苯環開始。一旦你點擊“苯”,就會出現一個戒指。使用空格鍵或通過“實用程序”放大圓環→ ‘焦點視圖。

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

  您可以在二維和三維窗口中修改分子。在二維中,可以添加環并更改連接類型。在3D中,也可以選擇氫原子,并將其替換為“更改元素”圖標。您也可以使用元素的熱鍵,例如使用“C”將原子變為碳,或使用“N”將其變為氮。

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

  完成后,使用“將編輯的分子保存到表”將分子導出到表中。

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  3.Dockin

  ??磕J接糜趯⒎肿臃胖茫???浚┰谀繕私Y合位點。

  你需要配體來對接它們。關于如何將分子添加到對接庫,請參見第2節(添加分子)。

  注意:如果添加了“對接庫”中的所有分子,它們將被對接

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

  要開始對接,請按“標準對接:生成姿勢”按鈕。每個分子最多可以生成10個姿勢,因為我們將對接設置保留為默認設置。下一張幻燈片將解釋如何調整??繀狄詢灮?拷Y果

BioSolvetIT Seesar(藥物設計)

  “最大姿勢數”定義了將為每個分子生成的最大可能姿勢數。SeeSAR默認生成10個姿勢“沖突容忍度”定義了SeeSAR在對接過程中如何處理配體和起點之間的沖突。對于緊密結合位點,增加對“中等”或“高”的耐受性可能會改善結果“允許環構象”可用于允許能量上不利的環構象(扭曲、船形)

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  “生成的姿勢”表將填充“對接庫”中配體的生成姿勢。要評估生成姿勢的相關性,請使用“已檢查”列和“全部檢查”檢查所有姿勢

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  然后轉到“檢查分子的計算”并選擇“估計親和力”。

  注:

  您可以將HYDE計算限制為預先選擇的一組檢查分子。

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  現在,估計的親和力顯示為對數尺度上的一個范圍。

  單擊列標題會根據此值進行排序

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  若要在比較中檢查多個姿勢,請通過將分子標記為參考來切換永久可見性?,F在,在選擇其他分子時保持可見。你甚至可以給每個分子上色來區分它們。右鍵單擊分子可以計算更多姿勢評估參數,或者使用前幾張幻燈片中描述的方法為所有檢查的分子計算這些參數

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  您可以在分子表窗口中添加注釋和描述符。

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更新日志

  [2023-05-17]

  1、增強的 3D 模型導出到 powerpoint

  將 SeeSAR 中的 3D 模型導出為 .glb 文件,用于外部演示工具(如 PowerPoint)已擴展到包括完整的蛋白質,包括色帶和表面可視化。

  這種擴展克服了以前的限制,即這種輸出僅限于分子和結合位點殘基。

  2、對引擎蓋

  下化學模型的改進 SeeSAR 13.0 的化學模型已更新,進行了以下更改:

  VSEPR 幾何形狀的修訂

  鍵長的調整和微調

  改進的芳香性檢測

  對含過渡金屬化合物的持續支持

  改進蒽醌環系統的構象

  3、改進了引擎蓋下的對接算法

  極性相互作用的改善和統一

  改善硫相互作用

  改進和統一的非極性相互作用

  改進了算法的數值穩定性和平臺獨立性

  改進了排名和重新對接結果

  4、對后臺

  評分功能的改進 SeeSAR 13 隨附 HYDE 2.0,帶來了以下改進:

  將硫氫鍵視為弱極性相互作用

  考慮所有原子(包括極性原子)的疏水分數貢獻

  能夠使用球體 (Ph4) 約束作為后置濾波器

  改進了排名和與實驗結果的相關性

  改進了算法的數值穩定性和平臺獨立性

  5、對引擎蓋

  下 3D 對齊算法的改進 SeeSAR 13 隨附 FlexS 5.0,帶來了以下改進:

  改進、統一的極性相互作用和非極性相互作用

  考慮疏水原子對比對的貢獻

  改進了基準測試中的對齊結果

  6、對底層

  片段增長算法的改進 SeeSAR 13 隨 FastGrow 1.1 一起提供,帶來了以下改進(需要最新版本的擴展庫):

  修訂后的片段數據庫,僅包含椅子構象

  SeeSAR 13 附帶了一個包含 12K 片段的數據庫。更大的片段數據庫可以從我們的網站免費下載。

  改進且易于理解的錯誤消息

  7、常規 SeeSAR 可視化架構更新

  3D 渲染機制已從根本上進行了大修,成為獨立于平臺的現代化架構。

  SeeSAR的底層用戶界面框架也從Qt5升級到了Qt6。此升級的結果是,某些較舊的 Linux 版本不再受支持。所有擁有服務器許可證的用戶都必須更新到最新的 Flexlm 11.19.2 許可證包。

  8、項目兼容性

  使用早期 SeeSAR 版本創建的項目遷移到 SeeSAR 13.0 的用戶將被告知,所有分數都將重置為 SeeSAR 13.0 中分子處理、化學和相互作用模型的重大改進。用戶將有機會保存其舊項目的副本。

  9、面向用戶的界面改進

  開始屏幕 開始屏幕

  將不再包含“新增功能”幻燈片,但可以通過 SeeSAR 右上角的新喇叭圖標直接鏈接到更新日志。通過這種方式,所有更改都可以系統地記錄在網站上,如果用戶想了解新功能,他們只需要關注一個地方!

  “What's New”牛角圖標將顯示一個“通知點”,以指示新 SeeSAR 版本的可用性,或者用戶是否沒有單擊此按鈕來閱讀更新日志。

  10、新的熱鍵常用的表格操作現在具有鍵盤快捷鍵,適用于所有分子表格:

  檢查分子 - ALT+C

  標記為收藏夾 - Alt+F

  將分子設置為活性/非活性 – ALT+A

  11、改進了對 Docking 和 Similarity Scanner 輸入的處理 Docking 和 Similarity Scanner 模式下的輸入表現在包含復選框,可以選擇和刪除后續對接或 3D 對齊計算不需要的輸入

  分子。

  這種添加克服了以前存在的瓶頸,即輸入表中的所有分子都要經過對接或 3D 對齊計算。

  12、改進了對已檢查分子的處理

  當在任何表格上“檢查”分子時,表格標題上會顯示一個關于當前檢查的分子總數的附加指標。

  在具有多個表(???、相似性掃描器)的模式中,如果在檢查多個表中的分子時嘗試對檢查的分子執行操作,則會警告用戶。

  這可以防止意外刪除/移動用戶可能在當前視圖之外的表格不同部分檢查過的分子。

  13、改進的通知消息:

  SeeSAR 中通知的傳遞方式發生了重大變化,確保用戶不會錯過重要通知。

  基本上有 2 種通知顯示給用戶:a) 信息(藍色背景)b) 錯誤/警告(紅色或橙色背景)。

  錯誤和警告保留在屏幕上,必須由用戶顯式關閉。

  消息中心中提供了可用消息數的指示。

  在消息中心內,用戶現在可以選擇“清除所有信息”或“清除所有消息”。

  14、增強的過濾選項

  在“組合過濾器”的標題下,有三個新的過濾器可用于分析儀,可以使用眾所周知的標準快速有效地過濾分子,即:

  藥物相似性(Lipinski 的 5 法則)

  引線狀

  片段相似性

  改進的進度可視化 引入了

  一個直觀且功能改進的進度對話框。這種新的進度可視化傳達了與當前正在執行的流程的進度相關的三個不同消息,即:

  正在運行的進程的圖形表示形式

  已完成執行的百分比

  執行完成的估計剩余時間

  15、改進了對外部 HYDE 評分

  的支持 HYDEscorer 定義文件導出也可從分析器獲得,現在還包括所有活動 Ph4 約束的信息,這些信息將用作使用 HYDE 2.0 命令行工具進行計算的后置過濾器。

  注: 這種使用 Ph4 約束的擴展支持在綁定站點模式下不可用。

下載地址

  • Pc版

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